Полностью не выйдет. Для YouTube вам уже указали возможные решения. Для стриминговых сервисов можно использовать livestreamer, но есть ещё уйма сайтов которые до сих пор не имеют альтернативного просмотра через HTML5. Вывод: отказаться можно, если вы используете флеш только на ютубе. Но допустим в том же VK у вас пропадёт возможность воспроизведения музыки.
Вы делайте не в Stylish, а в папке chrome. Для этого вбейте в адресной строке about:support, там нажмите "Показать папку". Если там нету папки chrome, то создайте и в ней создайте файл userChrome.css, с тем css кодом.
Я только что проверил, всё работает.
