Можно ли на js(или как-то иначе) менять html файл, грубо говоря, чтобы можно будет сделать кнопку, с помощью которой можно будет добавлять ссылки, удалять их и изменять.
Только если на флешку установить локальный сервер типо денвера или OpenServer и написать это дело на пхп. Но это для винды только. Для других ОС я не знаю переносных локалок.
Можно ли как-то сделать так чтоб при нажатии на ссылку на файл он не скачивался, а открывался в соответствующей программе .doc в word и т.д.?
Установить в браузер плагин оффлайн документов. Гугловский например