Если У вас в каждом влане меньше 126 компов, то можно сделать так:
1. Настроить порты в режим транка на линках микротик к циско, микротик к свичам.
Если у вас на циско в каждом влане /24. Например на интерфейсах прописаны: 192.168.1.1/24 и 192.168.2.1/24
2. Поднять на микротике вланы и в сторону вланов прописать 192.168.1.254/25 и 192.168.2.254/25, а в сторону циско 192.168.1.2/30 и 192.168.2.2/30.
3. На микротике поднять соответствующие DHCP серверы.
4. С компов запросить айпи заново.
P.S. Если есть возможность посмотреть нагрузку ЦП на циско, то советую посмотреть и на нагрузку портов и сравнить их с нормальным состоянием, чтобы быть уверенным на 100% что дело в большом трафике. + show proc на циско даст больше инфы