Антон Кучеров

Возможно лучшим решением было бы действительно хранить их в MongoDB.
Тем более что она поддерживает компрессию данных, а в довесок появляется возможность легко манипулировать ими, искать в них информацию, индексировать, обновлять и т.п.

1) Извлекаем всех пользователей.
2) Для каждого пользователя пробегаемся по закладкам и назначаем приоритет

Если честно, не понятно зачем искать решение средствами БД. Если БД действительно огромная (Гб/Тб данных) то запускаем 2 шаг. в несколько потоков.