Вот так
Есть несколько моментов:
1) Меню при клике не закроется, если его не закрыть (сорян за тавтологию)
При клике на любой из пунктов, удаляем классы, сопутствующие открытию и отображению меню
function onMenuLinkClick(e) {
const menuLink = e.target;
menu.classList.remove('_active');
menuBody.classList.remove('_active');
menuBtn.classList.remove('open');
/*..............*/
2) Не знаю зачем вы решили использовать getBoundingClientRec и проводить расчёты
const gotoBlock = document.querySelector(menuLink.dataset.goto);
const gotoBlockValue = gotoBlock.offsetTop + pageYOffset - document.querySelector('.hero-sec').offsetHeight;
window.scrollTo({
top: gotoBlock.offsetTop,
behavior: 'smooth'
});
если можно было обойтись обычным offsetTop
const gotoBlock = document.querySelector(menuLink.dataset.goto);
window.scrollTo({
top: gotoBlock.offsetTop,
behavior: 'smooth'
});