DevMan

зачем вам тапы для пыха, если он уже как год (если не больше) как переехал в core?
прост brew install php для последней версии или brew install php@7.х для установки предыдущих.

мой вам совет - никогда не трогайте системный софт.
ставите пых через брю? отлично. поставьте и индейца через него.
ну и, возможно, стоит вообще отказаться от него в пользу других веб-серверов.

пых влили в коре, теперь он идёт с вкомпиленными модулями, а все остальное предлагается ставить через пекл. как по мне - весьма странное решение.

теперь по сабжу: или сносить коровый пых и пользоваться тапами, или учиться жить с новыми правилами.

новые версии брю не требуют отключения сип.
прост отключи сип, апдейтни брю, включи сип обратно.

как вариант - сделать бекап системы и просто попробовать накатить свежий брю сверху.

Да в общем-то никак: брю ставит пакеты глобально и ей в целом пофигу какие и где стоят питоны.
Что мешает в path прописать нужного змея?

А вообще уже давно придуманы такие ништяки как virtualenv, vagrant и прочие докеры, которые избавляют от подобных менингитов.