Разбейте задачу на подзадачи.
Есть данные. Есть ключи шифрования этих данных. Ключи только у клиента. Вычленить фрагмент текста из зашифрованного блока невозможно по определению.
Вам нужно, чтобы пользователь мог с использованием индекса найти ссылку на нужное место в выбранной структуре хранения.
Так как индекс должен быть зашифрован, то доступ к нему может быть только у клиента. Т.е. задача обновления индекса падает на пользовательскую часть софта.
Ну вот Вам и ответ — индекс является отдельным зашифрованным документом пользователя. Каждый раз, как он вносит новые данные или меняет существующие он должен внести изменения в индекс.
Плюс — модуль для полного сканирования имеющихся документов для первого раза или для восстановления поврежденного индекса. Опять-же — работает только и исключительно на стороне клиента, ибо ключи только у него.