На венде та же фигня, замечал, что, иногда, окно всплывает на том мониторе, на котором сейчас курсор мыши, но закономерность так и не выяснил.
Скорее всего, это вопрос к разработчикам программ, почему всплывающие окна не запоминают положение, выставленное пользователем.