Denius

Для разнообразия:

#!/usr/bin/env python3

filename = "/path/file1"
data = {}
with open(file1, "r") as f:
    while True:
        line = f.readline().replace('\n', '')
        if not line:
            break
        key, value = line.split(':')
        data(key) = value

with open(file2, "r") as f:
    while True:
        line = f.readline().replace('\n', '')
        if not line:
            break
        del data[line]

with open(file1, "w") as f:
    for key, value in data.items():
        f.write("{}:{}".format(key, value))

Работать будет, если все адреса почты уникальны, иначе будет потеря одного из задвоенных адресов.
Не проверял, если где очепятался, то сорри, но идея понятна ))