Решение: Если из PHP вместе с вёрсткой передавать вот такой код инициализации, то компонент загружается как надо. Важно: mdb-select нужно менять на свой селектор, иначе при повторной подгрузке такого кода предыдущие компоненты будут инициализироваться повторно и ломаться.
$(document).ready(function() {
$('.mdb-select').materialSelect();
});
