РЕШЕНО. Проблема действительно где-то между VirtualBox'ом и nginx'ом. Кто виноват не знаю, но смена у виртуальной машины типа контроллера с SATA на IDE помогла решить проблему.
Может быть, но ведь другие программы показывают актуальные версии файлов. Даже не представляют как тут VirtualBox сказывается. Хотя конечно и не исключаю.
wget host/thisfile.js возвращает тоже закешированный js. Это показывает что дело не в браузере и не в проксе (ее просто нет)
Еще ньюанс — nginx работает внутри VirtualBox'а. Файлы лежат в общей папке для Windows хоста и linux виртуалки.
Но, я проверял, любое изменение файла в винде меняет его дату изменения в линуксе (смотрел самым бытовым ls -la). Т.е. nginx должен видеть что файл менялся.