apache по большому счету используется для маршрутизации, т.к. .htaccess это очень гибкая штука, в отличие от того что предлагает nginx. Может спокойно работать связка nginx->php-fpm->mysql без апача
ну а наиболее популярная связка nginx (для выдачи статики)->apache2(по сути для совместимости CMS и т.п., которые используют .htaccess)->php(как модуль apache)->mysql.