Идете вот сюда /bitrix/templates/ваш шаблон/components/bitrix/news.list/news.news-list,
Открываете файл template.php,
Дописываете туда
<это>---------------------------------------------------------------
<?
if( ($key+1) % 4 == 0 )
{
echo "";
}

if( ($key+1) % 3 == 0 )
{
echo "";
}

?>
<это>---------------------------------------------------------------
<это>---------------------------------------------------------------
<?if($arParams["DISPLAY_BOTTOM_PAGER"]):?>
<?=$arResult["NAV_STRING"]?>
<?endif;?>
<это>------------------------------------------------------------------

И будет вам пегинация нормальная

Для этого парсером пользуются например) или как вариант встроить кусок кода того сайта в свой и забыть вообще об этом)