Да там нет разницы, потоки или файлы.
Вот рабочий пример для вашего потока и первого найденного в гугле радио:
ffmpeg -i http://video.iluki.ru:81/matrosov_museum_102/index.m3u8 -i http://icecast.radiodfm.cdnvideo.ru/dfm.mp3 out.mkv
Мне сейчас стримить некуда - всё остальные опции будут касаться только опций кодирования, стриминга, буферов и т.п.
Интереснее если файл записан. Тут нужно сказать ему, что бы он крутился по кругу. Тут поможет это:
video.stackexchange.com/questions/12905/repeat-loo..., а команда получится такой:
ffmpeg -i http://video.iluki.ru:81/matrosov_museum_102/index.m3u8 -f lavfi -re -i "amovie=filename=/tmp/some.mp3:loop=0, asetpts=N/SAMPLE_RATE/TB" -fflags +genpts -y out.mkv
вместо конкретного файла тут может быть и плей-лист. Всё остальное как и для примера с live-потоком аудио.
Если разберётесь с опцией -map, то можно брать аудио-дорожки из других видео.