Подключайте скрипт не в html-, а в svg-файле:
<svg width="100" height="100"
xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"
xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink">
<script xlink:href="svg.js" />
<rect fill="#080" width="100" height="100" onclick="msg()" />
</svg>