Для iptables есть модуль owner , позволяет фильтровать по владельцу запущенного процесса.
Мне видится это так. Запускаете свое приложение от отдельного пользователя, сстрока для iptables будет чтото типа:
iptables -t nat -A OUTPUT -m owner --gid-owner ТУТ_ГРУППА_ВАШЕГО_ПРОЦЕССА -p tcp --dport 443 -j DNAT --to ВАШЕ_ПРОКСИ
Нашел описание модуля:
https://www.frozentux.net/iptables-tutorial/iptabl...
