И на файловой базе можно сделать веб-сервис!
Для начала нужно собрать требования к обмену - какими данными сейчас будут обмениваться, какими возможно в ближайшем будущем. По результатам нужно описать структуру передаваемых данных в XML или JSON формате.
Теперь можно создавать веб-сервис. Его можно создать в базе управляющей компании и тогда 20 предприятий через этот веб-сервис загружают свои данные (регламентным заданием или какой-то финансист проверяет/корректирует отправляемые данные и явно нажимает кнопку в обработке выгрузки). Или можно веб-сервисы создать во всех 20 базах, а управляющая компания в удобном для себя режиме опрашивает другие базы на предмет новой информации.
Если прямой связи нет, то файлы в описанном формате можно сохранять на специальный сетевой диск, а от туда специальный человек уже будет их забирать и загружать обработкой в базу управляющей компании.
P.S. Вариант с COM-соединением не советую как нестабильный и медленный. Вариант с работой через системные шины (если, конечно, их нет - иначе другая песня) не советую как избыточный и требующий выделенного инженера для обслуживания.