Начать надо с того, как на панели эти ярлыки появились? Каким образом был установлен скайп и пхпшторм? Например, если из снапа и у вас медленный жесткий диск, то первый запуск может занимать прилично времени.
Можно нажать win и ввести название там, поиск должен предложить существующие файлы/папки. Если они не находятся, зайти в настройки, там выбрать поиск, в поиске по файлам добавить директории, которые нужно индексировать.