Для облака - 3 Варанта
- webdav (последний раз когда пробовал - работало медленно)
- родное приложение синхронизации - синхронизировать все с локальным диском а оттуда бекапить. (если файлов много то будет очень медленно ворочать)
- писать свой обмен по REST API
Для коробки - доп варианты
- писать какие то скрипты на Bitrix Framework для выдергивания файлов.
- по SSH подключаться и пытаться там с диска что то выдернуть, но структура хранения на жестком диске не такая как в портале. Смотреть как оно в БД хранится и от этого плясать..