Поэтапно делайте рефакторинг. Сначала одну фичу, один контроллер, потом второй контроллер и т.п. Если модель данных у вас стабилизирована (только багфиксы), то сначала перенесите все модели и начинайте делать контроллеры. Как разделять на уровне сервера - решайте сами. Я бы просто менял настройки роутинга сервера: некоторые урлы на фалкон, некоторые на CI. Остается, конечно, вопрос сессий, но думаю, он вполне решаем, если сессии хранить в одном месте.
НО! И не пытайтесь начинать делать переход без тестов. Вот просто не стоит. Напишите тесты для CodeIgniter, через, например, Codeception с модулем PhpBrowser, а затем, по мере миграции приложения прогоняте эти же тесты на новом приложении с Фалконом. То есть в идеале, ваши тесты должны работать одинаково не зависимо от того какой фреймворк используется.
