В вашем вопросе половина ответа - отследите возврат на исходную при клике и затем запускайте скролл. Дальше вопрос - как понять, что меню вернулось на исходную? Там в любом случае есть какой-то параметр и у него есть значение. Вот когда параметр достигнет значения, тогда и запускайте ваш скролл.
Можно еще вот это использовать - событие, которое срабатывает, когда анимация заканчивает свое выполнение
transitionend