В свое время задался таким же вопросом, для рабочей сборки, так как у плагина однозначно годный функционал, но тоже нужно было сохранить структуру, в итоге могу сказать что такой опции у них в принципе нет. Я использовал дополнительные плагины gulp-cssbeautify и gulp-csscomb (в принципе gulp-csscomb должно быть достаточно, но у меня вылез баг связанный с переводом строк я так понял как то связан с плагином gulp-group-css-media-queries и пришлось подключить еще и gulp-cssbeautify).
