Dark19

В общем пришлось подключать нужные скрипты для плагинов при загрузке анонимной функцией и все заработало:

$(document).on('click', 'a',function(e){
            if($(this).is('a:not([data-fancybox])') && $(this).is('a[href^="'+site_url+'"]')){
                //e.preventDefault();
                locationPrev = window.location.href;
                var url = $(this).attr('href'),
                    toLoad = url+' #wrapper',
                    content = $('#ajax-content'),
                    opacityContent = $('#content');
                opacityContent.animate({opacity: 0.1},loadContent());
                function loadContent(){
                    setTimeout(function (){
                        content.load(toLoad,'',function(r, s, x){
                            $.getScript(home_url+"/wp-content/plugins/contact-form-7/includes/js/jquery.form.min.js");
                            $.getScript(home_url+"/wp-content/plugins/contact-form-7/includes/js/scripts.js");
                            $.getScript(template_dir+"/js/map.js");
                            $('html,body').animate({scrollTop: 0}, 500);
                            opacityContent.animate({opacity: 1},500);
                        });
                    },300);
                }

                // А вот так просто меняется ссылка
                if(url != window.location){
                    window.history.pushState(null, null, url);
                }

                return false;
            }
        });

Суть такова, что контент который подгружается не виден для скриптов и соответственно они на нем не срабатывают. Может его можно заделегировать как ссылки например, чтобы после подгрузки он был виден, не знаю. Увы другого способа не нашел.