DaniilSM

Воу воу. В index.php создайте константу которую будете проверять, и после во всех подключаемых файлах проверяйте ее.

// index.php - до подключения других файлов
define('MY_CONSTANT', TRUE);

// во всех подключаемых файлах делайте проверку
<?php
if (!defined('MY_CONSTANT')) exit('No direct script access allowed.');

class MY_Class {
....
}

п.с. не посмотрел дату вопроса)) но может пригодится