Никита

Яндекс загружает все страницы, но в индекс попадут только уникальные и полезные по мнению Яндекса.
Он может исключить из выдачи категории, страницы дубли, загруженные документы и т.д., но проиндексировать их все. Даже страницу поиска и незакрытые от индексации внутренние страницы, иногда даже админку. Так что нужно смотреть, что конкретно в выдаче и что туда не попало.
Можно ускорить процесс попадания путём социальных сервисов, типа мини прогона по не попавшим страницам, это может помочь, но может и навредить. Зависит от сайта.

А вы писали в тех.поддержку Яндекса? Она в течение двух дней мне ответили и указали на все мои косяки, а потом ещё раз проверили и подтвердили, что я всё исправил верно.

У меня с Google Apps тоже часто своя же почта и оповещения залетали в спам, выполнив их рекомендации не помогло, только после настройки Reverse DNS стал более менее нормальный инбокс с почты сайта (обратной связи и писем-оповещений).