В Symfony по-умолчанию используется Doctrine, для неё есть
Doctrine Migrations.
Поскольку Doctrine - data mapper, то вам не нужно "добавить к таблице колонку / индекс / поменять тип колонки", вместо этого вам нужно менять свои entities и mappings для них (подробнее
здесь), а затем создать для неё миграцию, используя команду
doctrine:migrations:diff для Symfony console. Т.к. команда работает на сравнении схем базы данных - в итоге вы получите миграцию с SQL скриптами для применения и отката изменений, внесённых в ваши mappings.