Очень вероятно "засыпание" HDD по бездействию (это не связано с настройками электропитания в Windows, а особенности прошивки диска, поэтому стандартными способами не лечится).
У меня 2 диска, система на SSD, данные на HDD. Каждый раз, когда я открываю диск D (что на HDD) — фризы, как и у вас, на 1-3 секунды.
Лечение: ставим бесплатную програмку Crystal Disk info, в ней Меню "Сервис" - "Дополнительно" - "Управление AAM/APM" — ставим ползунок в положение "Быстро"
