Не нашёл решение проблемы, сделал в лоб. Использовал шаблон для ретины через опции.

var spriteData =
		gulp.src(path.src.sprite)
			.pipe(spritesmith({
				imgName: 'sprite.png',
				algorithm: 'top-down', // binary-tree - плохой алгоритм для ретины
				imgPath: '../img/sprite.png',
				padding: 5,
				// retina
				retinaSrcFilter: ['src/sprite/*-2x.png'],
				retinaImgName: 'sprite-2x.png',
				retinaImgPath: '../img/sprite-2x.png',
				cssName: '_sprite.styl',
				cssFormat: 'stylus',
				cssTemplate: 'src/handlebars/stylus_retina.template.handlebars',
				cssVarMap: function(sprite) {
					sprite.name = 'ic-' + sprite.name
				}
			}));