D8i

Ответ на вопрос нашел:

Воспользуемся Type Converter.

Создадим класс EmotesConverter, зависимый от TypeConverter с таким содержимым:

public class EmotesConverter : TypeConverter
{
    public override bool CanConvertFrom(ITypeDescriptorContext context, Type sourceType)
    {
        return sourceType == typeof(string) ||
               base.CanConvertFrom(context, sourceType);
    }
        
    public override object ConvertFrom(ITypeDescriptorContext context, CultureInfo culture, object value)
    {
        return value is string emoteString
            ? Emote.Parse(emoteString)
            : base.ConvertFrom(context, culture, value);
    }
}

Добавим атрибут в класс опций:

[TypeConverter(typeof(EmotesConverter))]
public class EmotesOptions
{
    public Emote CheckMark { get; set; }
    public Emote Clock { get; set; }
}

И определим Type Converter при конфигурации сервисов:

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    TypeDescriptor.AddAttributes(typeof(Emote), new TypeConverterAttribute(typeof(EmotesConverter)));
    services.Configure<EmotesOptions>(Configuration.GetSection("Emotes");
}