rsync -a --exclude-from=file_name user@ip:/ /path_to
Где file_name имя файла с исключениями которые не нужно переписывать
user - пользователь удаленного компа
IP -удаленного компа
Это если без упаковки.
упаковка на локальной машине
tar czpf name.tar.gz --exclude-from=file_name /
передача файла
scp file_name user@ip:/path_to
ничего экстраординарного