Папка node-modules нужна для разработки (проще говоря это различные библиотеки которые ты можешь использовать в проекте). Gulp это task менеджер который посредством различных заданий в итоге соберет твой проект. Чаще всего во фронт энде используют так называемые препроцессоры (Pug, Sass, Less...) и исходники хранятся в отдельной папке (например src или source), посредством Gulp эти файлы при помощи библиотек node_modules собираются в готовый проект (html, css, js) который и деплоится на хостинг.
А если честно, использовать Gulp не имея хотя бы базовых знаний и представлений о NodeJS еще рано.
