Копируем компонент умного фильтра в свой шаблон.
В своём шаблоне находим папку с умным фильтром(\templates\название
_шаблона\components\bitrix\catalog.smart.filter\.default) открываем template.php
Находим div с которого наченается верстка умного фильтра и перед ним вставляем обвертку
<?$this->SetViewTarget("left_area");?>
Находим конец верстки умного фильтра и закрываем обвертку
<?$this->EndViewTarget("left_area");?>
Заходим в то место где надо вывести умный фильтр, например в sidebar.php(или header.php) и вызываем обвертку в которую обвернули умный фильтр
<?$APPLICATION->ShowViewContent("left_area")?>