WordPress хорош только для тех случаев, когда вся структура данных укладывается в стандартную иерархию (страницы, посты, категории, метки, произвольные поля, таксономия и т.д.). Т.е. когда самописных SQL-запросов вообще не требуется.
Если же необходимо большое кол-во сложных запросов, то лучше брать не CMS, а фреймворк (например, Yii). Сложность написания сайта не намного больше (для всех стандартных вещей существуют готовые модули), зато получаешь полный контроль над запросами к БД.