Короче говоря, я разобрался. Проблема была в том, что консоль Windows была "привязана" к версии Python 3.6.7, и все модули устанавливались на неё, а я работал в 3.7.1, соответственно, отсюда и ошибка.

Как исправил:
1. Проверил python3 --version и обнаружил, что консоль привязана к ней.
2. Удалил версию Python 3.6.7.
3. Столкнулся с проблемой "Fatal error in launcher".
4. Удалил из AppData\Local\Programs\Python папку Python 3.6.
5. Обновил pip и скачал pynacl.
Готово! :D