Проверьте владельца на папки внутри /var/lib/docker. Скорее всего вы запустили движок docker от рута, при этом используете docker-compose up от своей учетки, либо что-то не так с самой файловой системой.
Далее просто перезапустите: sudo service docker reload
Еще проверьте что у вас не закончилась емкость, ни в свободных байтах, ни в свободных индексах:
df /var/lib/docker/.
df -i /var/lib/docker/.
