Как альтернативу способу с запуском 1с из командной строки, можно использовать com-соединение. Данный способ удобен, если базы находятся в одной подсети. Реализуется внешняя обработка, в которую выводим шаблон настроек, перечень баз, и механизм подключения. Затем подключаемся по списку к базам и проводит необходимые действия(установка/чтение параметров и.т.д.).
Но как и в варианте с командной строкой, необходимо реализовать обработку на языке 1с. А так многое зависит от нюансов.