Почему @media не применяется?

Media применяется, все примененные стили элемента можно посмотреть в консоле веб-разработчика.

Magento и Head.js как подружить?

Добрый день, можно поинтересоваться с какой целью? Если все ради решения проблемы блокирующих скриптов , то могу посоветовать данное расширение https://github.com/mediarox/pagespeed , которое позволяет перемещать скрипты и стили в конец страницы.