Вероятно с ответом уже поздно, но кому-то может пригодиться.
Название меняется во вкладке COMPONENT BROWSER. Выбираете свое приложение app.YourSoftName, в инспекторе вкладка IDENTIFIERS, в поле Name ввести необходимое название (по умолчанию как раз стоит MATLAB App).