Я решил эту проблему. Как оказалось, всё было очень просто... Я Вызывал функцию прыжка в Update, что категорически не рекомендуется делать... И вместе с подскоками и просадками фреймрейта персонаж прыгал то выше, то ниже. После того как я перенёс всё движение в FixedUpdate проблема капитулировала.