Как один из вариантов, сделать конфиг с кастомным env, например config_db2.yml, в котором указать нужную бд и делать миграцию с ключем --env db2.
Второй вариант, залезть внутрь бандла отвечающего за миграции и посмотреть каким образом он достает конфига к бд.