Андрей Ширяев

Насколько я помню на chroot директорию должен быть владелец root. Сделайте просто вложенную директорию и ей назначьте нужного вам пользователя.

Если не знаете скрипт, который добавляет правила в iptables (в нем все в читаемом виде можно посмотреть), то скорей всего его можно найти посмотрев код /etc/init.d/iptables.