Я использую IPSec. Со стороны микротика он уже есть, со стороны центоса ставится пакет strongswan. У швана очень подробная документация, вагоны примеров.
Минусы - шифрование делается в ядре, для понимания того, как ходят пакеты, нужно иметь полную
схему (где указано, в какой момент пакеты шифруются).
(Плюсы - есть примеры конфигов, могу поделиться :) )