CityCat4

А что изменилось-то? Винда лучше не стала. Разве что в FF можно понаставить расширений - noscript например, blur, noflash - некоторая гарантия будет.

Если атака была целенаправленная, то никакие программы ничего не найдут. Если атаку проводили "какеры", то достаточно например Malwarebytes. Если есть время - мигрировать данные, форматировать винт, ставить систему заново.

Обычно для таких вещей используют СМП - Системы Мониторинга Пользователей. Но СМП не мониторит открытие файлов - за ненадобностью, это слишком низкоуровневая вещь, один офис открывает и закрывает сотни и тысячи файлов в процессе работы. А вот кейлоггинг там есть, кривоватый правда - текст в отчете обычно перемешан. Если нужно именно то, что нужно - придется писать самому.