Chvalov

Возможно через соседний сайт ломают
У вас Хостинг или свой VPS/VDS ?

Неизвестное устройство это какойто юзер агент был специфический.
Если привязки к телефону не было то это не составит труда зайти.

Пароль они уже знали раз так просто зашли

Если я выпишу новый сертификат, он об этой сможет узнать ? и Как ?

Угнать то угнали но как не знаю, сейчас смотрю логи.