Я это решаю так (в начале entry файла):
var src = document.querySelector('[src*="bundle"]').getAttribute("src");
__webpack_public_path__ = src.substr(0, src.lastIndexOf("/") + 1);
Т.е. записываем в глобальную переменную __webpack_public_path__ текущий путь до bundle.js. Все работает отлично, никаких дополнительных настроек в конфиге не надо.