У меня команда Алексея Шумкина отработала отлично для всех видеофайлов, кроме одного: упорно на выходе выдавал только аудидорожку оригинального видео (даже без самого видео). В итоге погуглил и в ключи "map" добавил "v" и "a", тогда отработало нормально. Вот так получилось:
ffmpeg.exe -i input_video.mp4 -i replacement_audio.m4a -vcodec copy -acodec copy -map 0:v:0 -map 1:a:0 output.mp4