У меня такая же проблема была. Оказалось, всё дело в urlrewrite.php в корне сайта. Если у вас в нём в начале или середине кода стоит такое или подобное правило:
30 =>
array (
'CONDITION' => '#^\\??(.*)#',
'RULE' => '&$1',
'ID' => 'bitrix:catalog.top',
'PATH' => '/index.php',
'SORT' => 100,
),
то это оно всё перехватывает. Поставьте это правило самым последним в документе, и всё должно заработать