Я решил такой вопрос через Batch Editor - всем товарам у кого количество "not 0" - порядок сортировки 0, а те, что количеством "0" - порядок сортировки 3. Таким образом у меня все товары, что есть в наличии - всегда в начале списка и далее они сортируются уже по алфавиту