Создаешь программу в которой будет отдельное скрытое окно размером в пиксель, наследуешь от этого окна детей, задаешь им координаты, цвет, видимость.
Также был вариант с нестандартной формой окна (искать в гугле)
еще был вариант вывода в виде фонового изображения
еще вариант перехватывать окна программ и рисовать в них (была программа в старых версиях winspy) - так как эксплоер.ехе тоже программа которая запускает всю графику рабочего стола то возможно декомпилировать файл и найти вызовы для нужного места стола
расковырять программы оформители
сделать прозрачное окно поверх всех, на нем рисовать, а фокус передавать на элементы окна под ним
