Я думаю вам не хватает модулей mmc_block и mmc_core. После их загрузки накопитель распознается как /dev/mmcblk0.

Вот команда, которую я использую на своём хромбуке с линуксом (Toshiba Chromebook 2 CB35-B3330) для генерации initrd:

mkinitrd -c -k 4.4.23-swanky -u -m ext4:ehci-hcd:ohci-hcd:uhci-hcd:usb-storage:usbhid:mmc_block:mmc_core:vfat:ext3:sdhci_acpi:sdhci:drm:uas:xhci-pci:xhci-hcd -r /dev/mmcblk0p1 -o /boot/initrd.gz